Od 1652 roku na rzece Branew istniał młyn wodny, który prowadziła rodzina Flisów. W II połowie XVIII wieku rozwinęła się osada o charakterze rolniczym. W latach trzydziestych XIX wieku utworzono na tym terenie zwartą zabudowę,  powstała wtedy również karczma i kuźnia. Podczas II wojny światowej w pobliżu wsi Flisy na Porytowym Wzgórzu, rozegrała się jedna z największych bitew partyzanckich w Polsce. W dniu 14 czerwca 1944 roku oddziały AL, AK i partyzantki radzieckiej (3 tys. walczących) starły się z oddziałami niemieckimi (30 tys. żołnierzy). Po całodziennej walce partyzanci zdołali wyjść z okrążenia. W 1959 roku we Flisach zorganizowano jednostkę OSP. W 1974 roku w miejscu, w którym rozegrała się bitwa postawiono pomnik zaprojektowany przez B. Chromy.